Днем основания первой духовной семинарии в Кузбассе считается 23 октября 1994 года.

Учебное заведение было открыто как духовное училище по инициативе первого управляющего Кемеровской епархией приснопамятного архиепископа Софрония (Будько), который был ее ректором в 1994-2006 гг., и трудами ныне покойного протоиерея Александра Пивоварова, благочинного церквей II-го Новокузнецкого округа и настоятеля Спасо-Преображенского собора г. Новокузнецка.

Небесные покровители духовной школы — святые равноапостольные братья Кирилл и Мефодий.

Благодаря поддержке генерального директора ОАО «Кузнецкий металлургический комбинат» А.Ф. Кузнецова Преображенскому собору был передан под училище первый этаж жилого пятиэтажного здания, расположенного в центре Новокузнецка по ул. Энтузиастов, 19, в котором до этого располагался детский сад. В этом здании студенты обучались девять лет.

Все эти годы проректором училища был протоиерей Александр Пивоваров, на плечи которого и легли все заботы по организации учебного процесса и полному материальному обеспечению.

Первоначально духовная школа была открыта как двухгодичное учебное заведение. Занимались воспитанники в наспех оборудованных аудиториях, которые только со временем были обустроены для преподавания. На втором этаже этого дома было выкуплено несколько квартир для использования их в качестве студенческого общежития. Здесь же был и медкабинет, а напротив него располагались комнаты первого и второго курсов пастырского отделения. Богослужебную практику учащиеся проходили в Преображенском соборе.

Через четыре года после открытия в училище насчитывалось уже около 80 воспитанников. В 2000 году период обучения в училище увеличился до трех лет, а обучение велось по программе Московской духовной семинарии с целью присвоения ему статуса духовной семинарии. В том же году новокузнецкую духовную школу посетила комиссия Учебного комитета Русской Православной Церкви во главе с архиепископом Верейским Евгением.

Вскоре из музыкально одаренных воспитанников училища образовался мужской хор, организатором которого стал преподаватель училища священник Сергий Гудков.

Жилое помещение для третьего курса расположилось в бывшем читальном зале, а иногородние студенты проживали на частных квартирах по несколько человек. Некоторые такие квартиры находились в другом районе. Позже было приобретено жилье специально под общежитие училища.

В 2003 году училище переехало в четырехэтажное здание, расположенное в Орджоникидзевском районе города по ул. Зыряновская, 97.

Строительство этого здания началось еще в 1987 угольной компанией г. Новокузнецка «ОАО Кузнецкуголь» как учебного корпуса ГПТУ-50. Вскоре, в связи с экономическими трудностями угольной компании, строительные работы были прекращены на неопределенный срок.

20 марта 1999 года по просьбе управляющего епархией недостроенный каркас здания был передан в собственность Кемеровской епархии с перспективой обустройства в нем Новокузнецкого духовного училища.

Сразу после передачи на первом этаже были постелены деревянные полы, затянуты полиэтиленовой пленкой пустые оконные проемы, вставлены двери и побелены стены с потолками. На первом этаже здания был обустроен домовый храм в честь святых первоверховных апостолов Петра и Павла.

Первым настоятелем семинарского прихода стал священник Георгий Пивоваров, которого вскоре сменил священник Николай Яким. В июне 2000 года на должность настоятеля был назначен митрофорный протоиерей Николай Бурдин, приехавший из Барнаульской епархии. Он же был назначен проректором училища.

Новое здание требовало большого ремонта: вокруг был насыпан шлак уровнем до подоконника, оконные отверстия были пусты. По благословению ректора училища архиепископа Софрония организацией капитального ремонта здания с 2003 года занялся протоиерей Александр Пивоваров. По его представлению с декабря 2003 года на должность заместителя ректора по административно-хозяйственной части был назначен протоиерей Виктор Буглаков. Он же был назначен очередным настоятелем прихода.

2006-2007 учебный год для училища оказался наиболее насыщенным. В этот период на Кемеровскую кафедру был назначен епископ Аристарх (Смирнов), он же был назначен ректором семинарии. По его инициативе на заседании Священного Синода от 27 марта 2007 года Новокузнецкое духовное училище было преобразовано в Новокузнецкую духовную семинарию со статусом высшего ученого заведения Русской Православной Церкви.

В октябре 2012 года по благословению Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Кирилла Новокузнецкая духовная семинария была переименована в Кузбасскую духовную семинарию.

23 августа 2012 года состоялось долгожданное событие — свои двери для прихожан распахнул новый храм Рождества Христова, выстроенный рядом с семинарией как главный в области мемориал памяти погибших шахтеров.

25 августа 2013 года новое здание семинарии освятил Святейший Патриарх Московский и всея Руси Кирилл.

Сегодня Кузбасская духовная семинария имеет два отделения: пастырское и регентское.

Пастырское отделение готовит священно- и церковнослужителей. Срок обучения 5 лет. Принимаются только лица мужского пола в возрасте от 18 лет до 35 лет, имеющие среднее или высшее образование, холостые или женатые первым браком.

На отделении изучается около 40 предметов. Особенно подробно преподаются богословские дисциплины. Из светских предметов даются знания по философии, истории России, риторике, педагогике и психологии. Помимо русского и церковнославянского языка изучаются английский, латинский и древнегреческий.

Регентское отделение готовит руководителей церковных хоров (малых и больших). Срок обучения — 3 года. При поступлении абитуриенту желательно иметь музыкальное образование.

Из специальных дисциплин преподаются: библейская история, катехизис, церковнославянский язык, Священное Писание Нового Завета, общая церковная история, история Русской Церкви, церковный устав, церковное пение, история церковного пения. А из музыкальных — элементарная теория музыки, сольфеджио, гармония, дирижирование, фортепиано, постановка голоса, хоровой класс, хороведение, хоровая аранжировка, анализ музыкальных форм.

В храме семинарии воспитанники проходят богослужебную практику.

В семинарии действуют три хора: смешанный, мужской и сводный.

С 2012 года в семинарии действует собственная пресс-служба, которая осуществляет подготовку статей и материалов для сайта семинарии, а также выполняет координационную деятельность. Статьи семинаристов также отсылаются на официальный сайт Кузбасской митрополии.