22 февраля 1855 г. михаил поступил на службу в алтайскую духовную миссию, где исполнял обязанности чтеца, сопутствовал миссионерам в путешествиях, занимался в школе, ходил по домам для научения обращенных молитвам, ухаживал за больными, не гнушался и тяжелого физического труда: копал гряды в огородах, обмазывал глиной стены убогих жилищ обитателей миссии, словом шел всюду, где нужны были для дела миссии его труды.

кроме того, в течение двух лет изучил алтайский язык и занимался переводами на него писания, молитв и богослужений совместно с переводчиком м. чевалковым. при этом иеромонах макарий, чтобы подыскать и ввести в употребление какой-нибудь новый термин, нередко нарочно отправлялся на несколько недель и даже месяцев в отделанные захолустья алтая и только путем долгих и многих бесед с различными инородцами, после убеждения, что для обозначения известного христианского понятия подходит и для всех инородцев понятно то, а не другое выражение, проходил к принятию и употреблению известного термина.

в 1861 г. принял монашеский постриг, а с 14 ноября 1864 г. стал наместником чулышманского благовещенского миссионерского монастыря.

в 1864 и в 1867-1868 гг. находился в петербурге, где занимался печатанием составленного им первого «алтайского букваря» и православных книг на алтайском языке. среди этих книг были литургия святого иоанна златоуста, священная история нового завета, огласительные поучения для готовящихся ко святому крещению и ряд других. это были первые книги, изданные на алтайском языке. в 1868-1869 годы, совместно с казанским профессором николаем ивановичем ильминским, святитель макарий готовил к печати составленную алтайскими миссионерами первую грамматику алтайского языка. был избран членом совета переводческого братства св. гурия (казань). во время пребывания в казани организовал богослужение на татарском языке, создав хор из крещеных татар и церковные напевы по образцу алтайских.

вернувшись на алтай, святитель организовал в чопоше училище на семьдесят человек с общежитием для подготовки учителей для других школ, первый выпуск которых состоялся в 1872 г. в 1875 г. святитель стал заведующим центральным миссионерским училищем в селе улалы, которое готовило учителей, переводчиков, священнослужителей, катехизаторов. с 13 марта 1875 г. – помощник начальника алтайской духовной миссии. с 1876 года, одновременно член комиссии по рассмотрению рукописей, предназначаемых к изданию на алтайском языке. с 29 июня 1883 г. – архимандрит.

с 29 декабря 1883 г. святитель макарий стал начальником алтайской духовной миссии и был им до 1891 г., но и в последующие годы он осуществлял попечительство над делами миссии. за многолетние миссионерские труды святителя назвали «апостолом алтая».

его трудами развивалось бийское катехизаторское училище, в котором получали образование представители различных народностей: алтайцы, телеуты, шорцы, абинцы, матурцы, сагайцы, киргизы, остяки из нарымского края.

в 1884 г. владыка учредил противораскольническое братство святого димитрия ростовского.

в 1884 г. архимандрита макария рукоположили во епископа бийского, викария томской епархии, а в октябре 1908 г. – в архиепископа томского и алтайского.

был председателем томского комитета православного миссионерского общества. открыл в архиерейском доме библиотеку, в которой велись занятия и читались лекции по богословию, истории, географии. при нем в программу томских духовно-учебных заведений были введены новые предметы – космография, гигиена, естественная история, химия, музыка, пение, рисование. было построено новое здание томского епархиального училища, расширены помещения мужского духовного училища, в большом и удобном здании была размещена томская духовная семинария, открыта церковно-учительская школа. владыка занимался благотворительностью, организовал приют для заштатных священников и сирот духовного звания, до этого ютившихся в сырых и холодных помещениях, основал томское общество попечения о бедных и бездомных «печальник». по его инициативе в томске был открыт городской приют для бездомных и нищих людей.

миссионерская и благотворительная деятельность владыки вызывала ненависть в среде местных сектантов и ссыльных революционеров. несколько раз его пытались убить, а 22 мая 1886 г. был подожжен архиерейский дом, сгорели библиотека, архив миссии, здание катехизаторского училища, однако епископ макарий сумел спастись, вынеся из огня святое евангелие, антиминс домового храма и потир.

в годы революции 1905-1907 гг. святитель проявил себя как охранитель традиций, содействовал монархическим организациям и являлся почетным председателем томского губернского отдела союза русского народа.

25 ноября 1912 г. владыка макарий, несмотря на преклонные лета, был назначен митрополитом московским и коломенским, священноархимандритом троице-сергиевой лавры.

назначение святителя митрополитом московским произошло, безусловно, по воле божией. революционные настроения, падение нравов, безверие интеллигенции и нерадение многих священников нуждалось в исправлении. святитель макарий старался, в первую очередь, сплотить паству. он стал вводить в храмах москвы общенародное пение, занимался катехизацией, убеждая следовать своему примеру московских пастырей.

святитель макарий был носителем живого духовного опыта. в своей жизни он общался со святыми иннокентием иркутским, николаем японским, иоанном кронштадтским, преподобномученицей елисаветой феодоровной.

в марте 1917 г. под давлением обер-прокурора синода в. львова, владыка подписал прошение об увольнении на покой. но затем выступил с протестом, считая увольнение не неканоническим.

однако на кафедре митрополит макарий восстановлен не был. в 1917 г. он некоторое время жил на покое в зосимовой смоленской пустыни, а затем был перевезен в подмосковный николо-угрешский монастырь. обратился к поместному собору 1917-1918 годов с просьбой рассмотреть его дело – на соборе он был реабилитирован, но об этом не было сообщено официально. в июне 1917 г. на московскую кафедру епархиальным съездом духовенства и мирян уже был избран архиепископ тихон, который в ноябре того же года стал патриархом московским и всея руси.

в 1918 г. келью митрополита макария в николо-угрешском монастыре дважды обыскивали представители советской власти (20 июля и 20 октября), а 3 октября на нее напали вооруженные бандиты, искавшие деньги, которых у престарелого владыки не было.

19 августа 1920 г. священный синод вынес определение о пожизненном бытии состоящему на покое митрополиту макарию – митрополитом алтайским, о чем патриарх тихон известил его личным письмом. несмотря на расстояние, святитель макарий знал о всех делах алтайской паствы, молился за нее и управлял ею из николо-угрешского монастыря. по воскресеньям владыка служил в соборе монастыря и произносил проповеди. в 1920 г. был частично парализован.

несмотря на болезнь и возраст, святитель вставал в половине пятого утра, читал монашеское правило, бывал почти на всех богослужениях и непрестанно молился по четкам. также он принимал у себя духовных чад, известных церковных деятелей. несколько раз его посещал патриарх тихон, после утверждения патриаршим местоблюстителем в 1925 г. к нему приехал митрополит петр (полянский), которому митрополит макарий подарил свой белый клобук. среди других посетителей были архиепископ бийский иннокентий (соколов), епископ арсений (жадановский), который оставил о нем мемуары, священник сергей мечев.

в 1925 г., после закрытия николо-угрешского монастыря, святитель макарий жил в селе котельники близ люберец, где и скончался от воспаления легких. был похоронен на приходском кладбище станции люберцы около алтаря храма. в 1957 г. перезахоронен в крипте успенского собора троице-сергиевой лавры – в храме всех святых, в земле российской просиявших.