В Сретенском храме Костромской Духовной Семинарии 1 сентября 2014 года в связи с началом нового учебного года епископ Костромской и Галичский Ферапонт в сослужении духовенства-преподавателей семинарии отслужил Божественную Литургию, по окончании которой обратился к воспитанникам с напутственной речью.

В своем слове Владыка выразил надежду, что семинаристы будут достойны своих предшественников, проходивших когда-то обучение здесь - в стенах одной из старейших семинарии в России, и получивших широкую известность на государственной, воинской и церковной службах своим вкладом в укрепление Церкви и государства. 

Семинария была основана в 1747 году при Ипатьевском монастыре костромским архиереем, выдающимся богословом Сильвестром (Кулябкой). За время существования семинарии из ее стен вышло немало видных деятелей Русской Православной Церкви: митрополитов, архиепископов, ректоров духовных академий и семинарий, богословов, церковных историков, просветителей, огромное количество городских и сельских священников. Наряду с основными предметами: литургикой, гомилетикой, богословием, Священным Писанием, церковным пением, иконописанием, церковной историей семинаристы изучали древние и современные языки, гражданскую историю, философию, словесность, математику, психологию, логику. Фундаментальная библиотека считалась одной из самых богатых в Костромском крае. С 1887 года при семинарии действовала образцовая церковно-приходская школа, хор духовной семинарии считался одним из лучших в епархии. Семинария была центром епархиальной жизни: здесь проходили епархиальные съезды духовенства, собрания церковно-исторического общества.

1 октября 1990 года стараниями епископа Костромского и Галичского Александра (Могилева) при соборной церкви Воскресения Христова на Дебре открылось епархиальное училище. В 1991 году духовное училище разместилось в бывшем трапезном корпусе Богоявленско-Анастассиного монастыря 17 июля 1996 года, решением Патриарха Алексия II и Священного Синода РПЦ училище было преобразовано в семинарию. Первым её ректором стал архимандрит Геннадий (Гоголев). В основу учебного процесса в семинарии были положены программы, принятые в Санкт-Петербургской Духовной Семинарии. В 2004 году семинария перешла на пятилетнюю систему обучения.