Над проектом по воссозданию и реставрации Собора, а также по изданию календаря и изготовлению передвижной выставки (информационных стендов) работал Научно-производственный центр по сохранению историко-культурного наследия Новосибирской области (НПЦ), сообщается на сайте Правительства Новосибирской области  

Как отметил начальник регионального управления по государственной охране объектов культурного наследия Александр Кошелев, на этапе подготовки к восстановлению Собора была проведена большая научно-исследовательская работа, в результате которой образовался обширный архив фотографических, документальных и библиографических материалов. Наиболее значимые из них легли в основу календаря «Собор во имя Святой Живоначальной Троицы. Колывань. 2018 год».

Работы по воссозданию памятника культуры начаты в 2016 году. Уже завершены общестроительные и основные кровельные работы, в полном объеме проведена реставрация кирпичной кладки, изготовлены и смонтированы окна, возведены железобетонные перекрытия и купола, оштукатурены и окрашены внутренние стены и фасады. В настоящее время ведется устройство главок и крестов на куполах, наружных и внутренних инженерных сетей (электрика, водоснабжение, водоотведение, отопление и т.д.), планируется благоустройство прилегающей территории, установка колоколов, иконостасов и роспись внутренних стен.

По данным специалистов НПЦ, результатом проведенной работы стало воссоздание облика Собора по состоянию на 1876 год: здание освобождено от поздних дисгармоничных наслоений, раскрыты подлинные элементы памятника (заложенные арочные и оконные проемы), воссозданы утраченные фрагменты и стены южного придела.

Статус объекта культурного наследия регионального значения, как яркий образец каменного культового здания, оформленного в духе «русско-византийского» стиля, Собор во имя Святой Живоначальной Троицы получил 17 декабря 2015 года приказом управления по государственной охране объектов культурного наследия Новосибирской области № 380.

В основу работ по созданию проекта реставрации легло изучение подлинных чертежей из фондов Государственного архива Томской области и учет реальных корректировок, вносившихся в проект при строительстве в XIX веке. В результате, за основу были взяты сохранившиеся капитальные стены, и было принято решение восстановить облик здания с двумя приделами, появившимися дополнительно к основному объему в 1876 году.

Работы по воссозданию и реставрации объекта проводятся в рамках государственной программы «Культура Новосибирской области на 2015-2020 годы» при финансовом участии Новосибирской епархии Русской Православной церкви. Научное руководство процессом воссоздания Собора, а также технический и авторский надзор за производством ремонтно-реставрационных работ осуществляет Научно-производственный центр по сохранению историко-культурного наследия Новосибирской области.