Накануне вечером торжественное всенощное бдение возглавил настоятель протоиерей Алексей Асеев в сослужении духовенства храма.

В самый день праздника был отслужен молебен с водоосвящением, Божественная литургия, после которой состоялся крестный ход вокруг храма.

Иоанно-Богословский храм был заложен в 1901 году, строительство велось на пожертвования коллежского регистратора Ивана Сергеевича Истомина, заштатного протоиерея Стефана Семёнова и других жителей города. В 1902 году храм был достроен и освящён епископом Оренбургским и Уральским Владимиром. Первоначально Иоанно-Богословский храм использовался не только для богослужений, в нём также проводились занятия женской церковно-приходской школы.

В 1905 году церковно-приходская школа переведена в другое помещение, в том же году около храма возведена деревянная звонница. Осенью 1905 года в храм назначен первый настоятель - иерей Павел Михайлов. Вместе с ним служил один псаломщик, а летом 1908 года причт храма удвоился - были назначены второй священник и ещё один псаломщик.

Из клировой ведомости за 1913 год известно, что в Иоанно-Богословском храме слева был придел в честь прп. Серафима Саровского.

В 1917 году настоятелем Иоанно-Богословского храма протоиереем Александром Полотебновым была открыта народная религиозно-нравственная библиотека, которая расположилась в здании церковно-приходской школы. Часть книг была передана библиотеке самим настоятелем, остальные приобретены на средства, собранные при помощи церковного сбора.

В середине 1930-х годов храм был закрыт, началось переоборудование здания - внутри было сооружено горизонтальное перекрытие, разделившее помещение на два этажа. Впоследствии в здании храма начали проводиться курсы повышения квалификации работников культуры и искусства.

В начале 1990-х годов стал обсуждаться вопрос о возвращении Церкви здания Иоанно-Богословского храма, 6 апреля 1992 года был возрождён Иоанно-Богословский приход. 4 марта 1996 года распоряжением администрации Оренбургской области здание храма возвращено Церкви. Настоятелем назначен иерей Алексий Пареньков.

Весной 1996 года начались восстановительные работы - демонтаж перекрытия, капитальный ремонт внутренней части здания (храм стал восстанавливаться как однопрестольный), установка ограды (ранее эта ограда располагалась вокруг оренбургского Казанского собора до его разрушения). После установки престола, жертвенника и временного иконостаса, 4 января 1997 года состоялась первая после долгого перерыва литургия.

26 декабря 2002 года Иоанно-Богословский храм был освящён архиепископом Оренбургским и Бузулукским Валентином.

В 2005 году настоятелем храма назначен протоиерей Алексей Асеев, который активно начал работы по реставрации храма и благоустройству прилегающей территории.

В 2006 году был готов проект для строительства колокольни над притвором храма. В 2007 году колокольня была построена (освящение и установка колоколов и купола с крестом состоялись 3 июля).

В сентябре 2007 года началась реставрация росписей храма, продолжавшаяся до февраля 2009 года.

На сегодняшний день храм является достойным украшением города Оренбурга.