10 июля 2013 года на отделении теологии РГУ им. С.А. Есенина состоялся первый выпуск магистров теологии.
С 2011 года на отделении теологии открыта магистерская программа "Проблемы новейшей истории РПЦ: религиозно - философский аспект" (научный руководитель - доктор педагогических наук профессор В.А.Беляева). Магистратура является завершающей ступенью высшего профессионального образования.
Условием для поступления в магистратуру является наличие высшего образования (бакалавриат, магистратура) любого профиля. Преподаватели магистратуры - кандидаты и доктора наук.