Сотрудничество между епархией и Военной академией длится многие годы и заложено было при митрополите Кирилле, ныне Святейшем Патриархе Московском и вся Руси.

13 марта 2000 года был подписан договор о сотрудничестве между Военной Академией ВПВО ВС РФ и Смоленской епархией с целью удовлетворения потребностей личного состава в духовно-нравственном развитии и получении знаний по основам православного мировоззрения. В том же году в военном учебном заведении состоялось открытие факультета Православной культуры. Его занятия посещают курсанты, слушатели, преподаватели и гражданский персонал Военной академии.

На территории Военной академии с 2002 года действует храм в честь святого воина-мученика Меркурия Смоленского. Храм возвели на пожертвования военнослужащих, предпринимателей, прихожан и жителей Смоленска, при финансовой поддержке Смоленской епархии. Строительство проходило при помощи курсантов и офицеров академии.

Правящего архиерея Смоленской епархии в стенах учебного заведения встретили начальник Военной Академии Войсковой ПВО полковник Глеб Еремин и заместитель начальника академии по учебной и научной работе полковник Олег Васильченко, а также настоятель храма святого мученика Меркурия протоиерей Владимир Дмитриев и священник храма иерей Сергий Марков.Епископ Исидор посетил учебные корпуса, ознакомился с материалами и экспонатами музеев академии, побывал в общежитии курсантов. Также Его Преосвященство осмотрел некоторые образцы новой военной техники.

Затем Преосвященнейший Исидор провел лекцию для курсантов Военной академии «Воинство и боевой дух».

В память о встрече правящий архиерей преподнес в дар Военной академии икону святого преподобного Серафима Саровского, пожелав молитвенного заступничества великого русского святого. Епископ Исидор выразил твердое убеждение, что курсанты академии, которые обучаются под руководством высокопрофессиональных преподавателей, выйдут отсюда опытными офицерами, которые сделают все, чтобы жители нашей Родины жили под спокойным и мирным небом.