Не смотря на то, что богослужения в Богоявленском соборе начались еще в 2015 году, его строительство не было завершено. Штукатурка и внутренние отделочные работы южного и северного приделов были выполнены в 2016-2017 годах. С конца мая этого года силами Курганской епархии велись работы в главном алтаре, центральной части и трапезной храма. За это же время было проведено газовое отопление и установлена новая отопительная система, переоборудована вентиляция, велось благоустройство прилегающей территории.

Во время производства работ все богослужения совершались в нижнем приделе собора во имя святых благоверных князей Петра и Февронии Муромских.

Сейчас уже всё подготовлено для возобновления служб в верхнем храме. Богоявленский собор отличается уникальным собранием икон и святых мощей. В соборе хранится чудотворная явленная Утятская икона Святителя Христова Николая (1749 год). Все находившиеся в соборе иконы и святыни установлены на свои места.

В храме появились и новые иконы и святыни. В южном, Иверском, приделе в резном киоте установлен образ Святителя Алексия, Митрополита Московского и всея России, чудотворца (+1378) и два киота тройника. В них помещены иконы равноапостольного князя Владимира; равноапостольной княгини Ольги, с частицей мощей; мученицы Людмилы, княгини Чешской, с частицей мощей; первого Сибирского святого, мученика Василия Мангазейского; преподобного Саввы Освященного, с частицей мощей, преподобного Никиты столпника, Переславского, с частицей мощей.

В северном, Никольском, приделе собора помещен ковчег с мощами святителя Исаии, епископа Ростовского. В молодости святитель принял постриг в Киево-Печерском монастыре при преподобном Феодосии († 1074 г.). В 1078 г. Исаия был рукоположен во епископа города Ростова Великого, где тогда было еще много  язычников. Ревностно трудился святитель, насаждая православие среди жителей своей обширной епархии, построил в Ростове Успенский собор. Господь прославил Своего угодника, совершая через него знамения и чудотворения: в 1089 г. «облаком носимый, якоже древле апостолы», Исаия присутствовал при освящении «небеси подобной» церкви Успения Богоматери в Киево-Печерском монастыре. Скончался 15 мая 1090 г. Нетленные мощи святителя были обретены в 1164 г.

Там же помещен второй ковчег, содержащий части святых мощей шести древних мучеников, пострадавших в эпоху языческих гонений на христиан, Симфориана, Прова, Дисидерия, Кандида, Иуста и Короната.

Святой мученик Симфориан Римский (память 18 декабря) был сыном начальника Римских тюрем Клавдия при императорах Диоклетиане и Максимиане. Будучи излеченным от болезни святым Никостратом он вместе с отцом и братом Феликсом принял святое крещение. Около 287 года всем им за отказ отречься от Христа и принести жертву языческим идолам привязали камни на шеи и утопили в море.

Мученик Пров Аназарвский (память 12 октября) пострадал вместе с Тарахом и Андроником в 304 году при императорах Диоклетиане и Максимиане. Он был знатного происхождения. Прежде, чем он был замучен, его трижды подвергали истязаниям. Во время третьего истязания Прову насильно влили в уста жертвенное вино и вложили мясо, но он сказал, что это ничего не значит, потому что его заставили. Истязания мученика были ужасные, какие только могла придумать злоба человеческая. Наконец, его предали на растерзание зверям на глазах у множества народа, но звери спокойно легли у его ног. В гневе правитель приказал избить устроителей зрелища, перебить зверей, а мученика изрубить мечом. Его тело раздробили на мелкие части.

Святой Дисидерий чтец, Путеольский (память 21 апреля) принял мученическую смерть за Христа около 305 года, во время гонения императора Диоклитиана (284 — 305). Вместе со священномучеником Ианнуарием он был брошен в тюрьму города Путеола, а затем выведен в цирк на растерзание диким зверям, но звери не тронули его. Тогда мучитель приказал отсечь мученику голову за стенами города.

Святой мученик Кандид Трапезундский (память 21 января) во время гонений на христиан, воздвигнутых императором Диоклетианом на рубеже III–IV вв., был схвачен и отправлен в ссылку.  В Трапезунде, он был приведен на суд к суровому префекту Лисию. Когда его стегали плетьми из бычьих жил и подвергали жестоким пыткам, он не издаи ни одного крика и не просил о помиловании. Тогда палачи пали перед ним ниц, после чего мученика снова заключили в тюрьму. После новых пыток его бросили в раскаленную печь, но он остался невредимым. Тогда его обезглавили.

Святой Иуст Римский (память 14 июля), родом римлянин, был воином и жил в I веке. Ему было чудесное видение: на воздухе явился кристалловидный крест. Иуст уверовал во Христа и раздал всё свое имение нищим. По приказу игемона Магненция он был схвачен, претерпел многие мучения, после которых предан был огню и скончался даже без повреждения волос.

Святой мученик Коронат Кесарийский, Вифинский (память 17 августа) пострадал вместе с мучениками Фирсом, Левкием и их дружиной в Кесарии Вифинской и Аполлонии при императоре Декии в 249 году.

В центральной части собора среди других святынь выставлен ковчег с частицами мощей святых мучеников Трифона, Флора и Лавра.

Святые мученики Флор и Лавр жили во II веке и были родными братьями, с юности уверовавшими во Христа. Их, как известных каменщиков, пригласили для построения нового языческого храма. Братья же проповедовали Христа и утверждали проповедь чудесами, за что были схвачены, брошены в колодец и засыпаны землёй. Впоследствии их мощи были обретены нетленными. Сразу после обретения мощей прекратился падёж скота. В связи с этим эти святые почитались как покровители лошадей.

Святой мученик Трифон пострадал за веру во время царствования императора Деция Трояна в 250 году. Будучи отроком, он проявил дар чудотворений, исцеляя недуги, изгоняя бесов. Однажды молитвой святого Трифона были изгнаны вредные гады и насекомые, и тем жители спасены от голода. За исповедание Христа Трифон был схвачен и предан суду, мучим и осуждён на усекновение главы. По его молитве Господь взял его душу ещё до того, как палачи успели привести приговор в исполнение. Трифон мученик почитается как скорый помощник в трудных обстоятельствах жизни.

Святые мощи переданы митрополиту Иосифу игуменом монастыря Кассопитра на острове Корфу (Греция) схиархимандритом Поликарпом (Зервосом).

Там же выставлен и новый, более благолепный ковчег, в который из старого переложены частицы мощей святых благоверных князей Петра и Февронии, Муромских чудотворцев, покровителей семейной жизни.

Первая служба после произведенных работ в главном, верхнем объеме собора состоится под великий праздник Покрова Пресвятой Богородицы в субботу 13 октября в 17-00. Митрополит Курганский и Белозерский Иосиф совершит здесь Всенощное бдение с литиёй и акафистом Покрову Богоматери в сослужении соборного духовенства.

В Богоявленском соборе хранятся частицы Покрова, Ризы и Пояса Пресвятой Богородицы. В праздник Покрова Божией Матери эти святыни будут доступны для поклонения верующим.